在治疗方面，除了外科作根治性的手术外，内科治疗主要是处理并发症及稳定病情，使患者能在最适当的状况下接受手术治疗。
由于先天性巨结肠症在新生儿时期就可能有症状发生，故临床上支持性治疗相当重要。病婴一旦有结肠炎或败血症的情况，则一定需作好补充输液、电解质及适当抗生素治疗。若有排便不顺、腹胀的患者可用物理性刺激肛门或灌肠以利排便。因为临床上确定诊断有时需经一段时间，而且以外科进行根治性的治疗病婴应达到一定的体重，故在未进行手术前，如何照顾小宝宝即十分的重要。
